巴州党委党校前身为“焉耆地委干部培训班”，1957年更名为中共巴音郭楞蒙古自治州委员会党校，2000年12月成立巴音郭楞蒙古自治州行政学院，与巴州党委党校实行“两块牌子，一套班子”，形成“一校一院”办学格局。2020年6月完成机构改革后，经自治州党委机构编制部门批准，核定巴州党委党校县级领导职数4名，其中：常务副校（院）长1名，副校长2名，校务委员1名。 校（院）内设机构12个（办公室、党建办、教务处、科研处、培训处、组织人事科、信息网络和图书资料中心、政治哲学教研室、文化与社会学教研室、党史党建教研室、行政法学教研室、总务处），科级领导职数22名（12正、10副）。单位核定编制71个，实有干部教职工68人（含8名试用期研究生），专职教师39人，其中：研究生学历20人、本科19人，高级讲师19人、中级职称12人，专职教师占比57%。 设有机关党委，下属3个党支部。其中在职干部教职工党支部2个，离退休教职工党支部1个。共有党员84名，其中在职党员45名，离退休党员39名。 校园占地面积32.37亩，学校教学及配套设施总建筑面积31526.91m2。其中党校干部培训楼1栋、13层，面积12844平方米（2012年12月竣工，目前委托楼兰宾馆经营，可满足学员住宿）；新建综合教学楼一栋，2013年启动项目立项，2019年11月竣工并投入使用，教学楼地上十层，地下一层，建筑面积12734.43m2，教学阵地可同时容纳800名学员参加培训，主要包括：大报告厅591平米、336个座位，小报告厅233平米、160个座位，视频会议室1个、50座，视频教室1个、50座，上述四个会场均设置联通自治区党校和州县市党校的综治视联网设备，可同时容纳600人参会参训。普通会议室3个、可容纳150人，讨论室10个、可容纳300人，多媒体教室6个、可容纳300人，办公室20间（含派驻纪检组办公室1间）、可满足70多人办公，互动式智慧讨论室2间、470平米、可容纳160人。智慧党建教室2个、面积203平米、可容纳100人，教职工和学员活动室设在10楼、面积约750平米，校史馆、智慧党建展厅、录播中心各1间，面积293平米；“党校到支部”工作室1间、面积66平米；党史馆、党性教育基地预留面积563平米（正在设计布展，争取项目支持）；全校“互联网+”的建设和应用明显提升，“智慧党建”“智慧校园”的打造深入推进，党校“红色学府”的特色得以彰显。投入近30万元建成面积近100多平米的“智慧党建展厅”，运用大数据、云平台、虚拟现实技术设施，形成“党史经典朗读亭、党建活动留声墙、党性教育e平台、红色学府小舞台”四位一体的有机组合，建立起党员干部自主学习新模式。建设图书阅览室两间、书库两个，建筑面积400m2，各类藏书5万余册；学员公寓一栋，四层，建筑面积2486m2，共计54间宿舍，可容纳60余人同时住宿（经专业鉴定机构检测，鉴定为D级危楼，目前已停止使用）食堂一个，两层，建筑面积1756m2，可容纳200余人同时就餐。 2011年，完成体制改革后，八县一市党委党校成为我校分校并挂牌。截止2021年12月，县市分校共有干部教职工123人，专职教师69人。（其中库尔勒市委党校18人，专职教师13人；和静县委党校 12 人，专职教师4人；若羌县委党校10人，专职教师6人；和硕县委党校13个人，专职教师5人；博湖县委党校14人，专职教师7人；焉耆县委党校13人，专职教师9人；且末县委党校15人，专职教师8人；轮台县委党校16人，专职教师9人；尉犁县委党校12人，专职教师8人）。