新疆农科院经济作物研究所成立于1979年2月，主要承担棉花、甜菜、油料经济作物育种、栽培、新技术示范与推广。现设有十二个研究室，全所职工66人，科技人员65人，其中研究员21人，副研究员25人；博士9人，在读博士生4人，硕士29人。建所以来，坚持科学技术面向经济建设、面向农业生产、面向农村的方针，长期在南北疆7个地州14个县的广大农村、科研基地上开展工作。辛勤的努力换来了丰硕的成果。先后取得科研成果107项，获奖成果90项，有42项技术成果获国家或省部级二等奖以上重大成果奖励。“十二五”以来获各类奖励34项：国家发明专利优秀奖1项；省级科技进步一等奖8项、二等奖7项、三等奖4项；省级发明专利一等奖2项；农业部丰收计划三等奖4项；其他各类奖7项。获植物新品种权授权7项。获授权发明专利18项、实用新型25项。获授权软件著作权27项。制定各类技术规程39项。在各类学术期刊发表论文331篇，其中SCI、EI收录13篇；主编、参编著作53部。受上级部门委托，编制了大量技术总结、产业规划以及咨询报告等，为自治区农业发展建言献策。先后选育出优质高产棉花、甜菜、油料等经济作物新品种58个。发表论文500余篇，出版专著34部。